Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Wyznaczone tereny Nadleśnictwa Olsztyn  należą do dwóch obiektów Natura 2000. Jeden chroni siedliska, drugi stanowi ostoję ptaków.
 
1.  PLH280052 – Ostoja Napiwodzko-Ramucka Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk
Obszar ten ( na terenie Nadleśnictwa Olsztyn) to ponad 1500 ha chronionych terenów, wśród których dominują lasy oraz wody i siedliska wilgotne (torfowiska, bagna), a wśród nich:

• Torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą
• Torfowiska przejściowe i trzęsawiska
• Grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny
• Bory i lasy bagienne
• Łęgi olszowe, olszowo-jesionowe i jesionowe
• Starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z NYMPHEION
• Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekspensywnie

2  PLB280007 – Puszcza Napiwodzko-Ramucka Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków.
Obszar na terenie Nadleśnictwa Olsztyn obejmuje ponad 6300 ha występują i chronione są na nim ptaki m.in.:
 

• Bielik
• Orlik
• Rybołów
• Żuraw
• Dzięcioł czarny
• Muchołówka mała